基因工程是要按人們的意愿去有目的地改造，創(chuàng)建生物遺傳性，因此其最基本的工程就是要得到目的基因或核酸序列的克隆。分離或改建的基因和核酸序列自身不能繁殖，需要載體攜帶它們到合適的細胞中復(fù)制和表現(xiàn)功能。對理想的基因工程載體一般至少有以下幾點要求：
�、倌茉谒拗骷毎袕�(fù)制繁殖，而且最好要有較高的自主復(fù)制能力。
�、谌菀走M入宿主細胞，而且進入效率越高越好。
�、廴菀撞迦胪鈦砗怂崞危迦牒蟛挥绊懫溥M入宿主細胞和在細胞中的復(fù)制。這就要求載體DNA上要有合適的限制性核酸內(nèi)切酶位點。
�、苋菀讖乃拗骷毎蟹蛛x純化出來， 這才便于重組操作。
⑤有容易被識別篩選的標志，當其進入宿主細胞、或攜帶著外來的核酸序列進入宿主細胞都能容易被辨認和分離出來。這才介于克隆操作。
常用的載體有質(zhì)粒，噬菌體和病毒等。
一、質(zhì)粒載體
質(zhì)粒（plasmid)是細菌或細胞染色質(zhì)以外的，能自主復(fù)制的，與細菌或細胞共生的遺傳成分。其特點如下：
�、偈侨旧|(zhì)外的雙鏈共價閉合環(huán)形DNA（covalently closed circuar DNA,cccDNA)，可自然形成超螺旋結(jié)構(gòu)，不同質(zhì)粒大小在2-300kb之間，＜15kb的小質(zhì)粒比較容易分離純化，＞15kb的大質(zhì)粒則不易提取。
②能自主復(fù)制，是能獨立復(fù)制的復(fù)制子（autonomous replicon)。一般質(zhì)粒DNA復(fù)制的質(zhì)�？呻S宿主細胞分裂而傳給后代。按質(zhì)粒復(fù)制的調(diào)控及其拷貝數(shù)可分兩類：嚴緊控制（stringent control)型質(zhì)粒的復(fù)制常與宿主的繁殖偶聯(lián)，拷貝數(shù)較少，每個細胞中只有1個到十幾個拷貝；另一類是松弛控制（relaxed control)型質(zhì)粒，其復(fù)制宿主不偶聯(lián)，每個細胞中有幾十到幾百個拷貝。每個質(zhì)粒DNA上都有復(fù)制的起點，只有ori能被宿主細胞復(fù)制蛋白質(zhì)識別的質(zhì)粒才能在該種細胞中復(fù)制，不同質(zhì)粒復(fù)制控制狀況主要與復(fù)制起點的序列結(jié)構(gòu)相關(guān)。有的質(zhì)粒的可以整合到宿主細胞染色質(zhì)DNA中，隨宿主DNA復(fù)制，稱為附加體，例如細菌的性質(zhì)粒就是一種附加體，它可以質(zhì)粒形式存在，也能整合入細菌的DNA，又能從細菌染色質(zhì)DNA上切下來。F因子攜帶基因編碼的蛋白質(zhì)能使兩個細菌間形成纖毛狀細管連接的接合（conjugation)，通過這細管遺傳物質(zhì)可在兩個細菌間傳遞。
�、圪|(zhì)粒對宿主生存并不是必需的。這點不同于線粒體，線粒體DNA也是環(huán)狀雙鏈分子，也有獨立復(fù)制的調(diào)控，但線粒體的功能是細胞生存所必需的。線粒體是細胞的一部分，質(zhì)粒也往往有其表型，其表現(xiàn)不是宿主生存所必需的，但也不妨礙宿主的生存。某些質(zhì)粒攜帶的基因功能有利于宿主細胞的特定條件下生存，例如，細菌中許多天然的質(zhì)粒帶有抗藥性基因，如編碼合成能分解破壞四環(huán)素、氯霉素、氨芐表霉素等的酶基因，這種質(zhì)粒稱為抗藥性質(zhì)粒，又稱R質(zhì)粒，帶有R質(zhì)粒的細菌就能在相應(yīng)的抗生素存在生存繁殖。所以質(zhì)粒對宿主不是寄生的，而是共生的。醫(yī)學(xué)上遇到許多細菌的抗藥性，常與R質(zhì)粒在細菌間的傳播有關(guān)，F(xiàn)質(zhì)粒就能促使這種傳遞。
圖20-2 pBR322及pUC18圖譜
現(xiàn)在分子生物學(xué)使用的質(zhì)粒載體都已不是原來細菌或細胞中天然存在的質(zhì)粒，而是經(jīng)過了許多的人工的改造。從不同的實驗?zāi)康某霭l(fā)，人們設(shè)計了各種不同的類型的質(zhì)粒載體，近年來發(fā)展很快，新的有特定用途的質(zhì)粒不斷被創(chuàng)建。圖20-2給出最常用的大腸桿菌克隆用質(zhì)粒pUC19的圖譜，此質(zhì)粒的復(fù)制起點處序列經(jīng)過改造，能高頻率起動質(zhì)粒復(fù)制，使一個細菌pUC19的拷貝數(shù)可達500-700個；質(zhì)粒攜帶一個抗氨芐青霉素基因，編碼能水解β-內(nèi)酰胺環(huán)，從而被壞氨芐青霉素的酶，當用pUC19轉(zhuǎn)化細菌后放入含氨芐青霉素的培養(yǎng)基中，凡不含pUC19者都不能生長，結(jié)果長出的細菌就是都含有pUC19的；pUC19還攜帶細菌lac操縱元中的lacI和lacZ基因編碼，β-半乳糖苷酶N端狀146個氨基酸的段落，當培養(yǎng)基中含有誘導(dǎo)物IPTG和Xgal時，lacz ' 基因被誘導(dǎo)表達產(chǎn)生的β-半乳糖苷酶N端肽與宿主菌表達的C端肽互補而具有β-半乳糖苷酶活性（質(zhì)粒和宿主編碼的肽段各自都沒有酶活性，兩都融為一體而具酶活性，稱為α-互補，α-complementation)，半乳糖苷酶水解Xgal而使菌落呈現(xiàn)藍色；在lacz '中間又插入了一段人工設(shè)計合成的DNA序列，其中密集多個常用的限制性核酸內(nèi)切酶的位點，使外來的基因和序列能很方便地被插入此位置，當外來序列插入后則破壞了lacz '編碼的半乳糖苷酶活性，生長的菌落就呈白色，這種顏色標志的變化就很容易區(qū)分和挑選含有和不含有插入序列或基因的轉(zhuǎn)化菌落，稱為藍白篩選法。
除常用的大腸桿菌質(zhì)粒載體外，近年來發(fā)展了許多人工構(gòu)建的其它能用于微生物、酵母、植物等的質(zhì)粒載體。含有不止一個ori、能攜帶插入序列在不同種類宿主細胞中繁殖的載體稱為穿梭載體（shuttle vectors)。
