上海第二醫(yī)科大學(xué)基礎(chǔ)醫(yī)學(xué)院成立于1989年5月，其前身為創(chuàng)建于1955年8月26日的基礎(chǔ)醫(yī)學(xué)部。經(jīng)過多年的建設(shè)，學(xué)院已成為全�；�礎(chǔ)醫(yī)學(xué)的教學(xué)、科研、師資培養(yǎng)以及社會服務(wù)的基地。
　　
　　學(xué)院現(xiàn)有21個教研室，同時設(shè)有生物醫(yī)學(xué)工程系、藥學(xué)系，聯(lián)合國世界衛(wèi)生組織免疫遺傳學(xué)和免疫病理學(xué)合作中心、衛(wèi)生部法語培訓(xùn)中心、上海市免疫學(xué)研究所、上海生物醫(yī)學(xué)工程研究所、上海市生殖醫(yī)學(xué)研究與培訓(xùn)中心、上海第二醫(yī)科大學(xué)基因治療中心、上海第二醫(yī)科大學(xué)藥物研究所和上海第二醫(yī)科大學(xué)基礎(chǔ)醫(yī)學(xué)研究中心。

　　學(xué)院承擔(dān)了培養(yǎng)各種學(xué)制（三、四、五、七、八年），各種專業(yè)(臨床醫(yī)學(xué)、口腔醫(yī)學(xué)、臨床醫(yī)學(xué)法語班、生物醫(yī)學(xué)工程、藥學(xué)、醫(yī)學(xué)檢驗、護理、公共事業(yè)管理等)，各種層次(專科、本科、七年制、研究生)和各種形式（全日制、夜大學(xué)）的基礎(chǔ)醫(yī)學(xué)教學(xué)工作。

　　學(xué)院現(xiàn)有市級重點學(xué)科1個, 211重點建設(shè)學(xué)科3個。自1984年以來，經(jīng)國務(wù)院學(xué)位委員會批準(zhǔn)先后建立了“生物醫(yī)學(xué)工程學(xué)”、“基礎(chǔ)醫(yī)學(xué)”和“生物學(xué)”3個一級學(xué)科博士學(xué)位授權(quán)點，基礎(chǔ)醫(yī)學(xué)、生物學(xué)兩個博士后流動站，10個二級學(xué)科博士學(xué)位授權(quán)點，13個二級學(xué)科碩士學(xué)位授權(quán)點。博士生導(dǎo)師30名，碩士生導(dǎo)師22名。
細胞生物學(xué)為上海市教委重點開放實驗室，生殖生物學(xué)實驗室為上海市科委重點實驗室。
學(xué)院擁有大型儀器設(shè)備包括流式細胞儀、電子顯微鏡、激光共聚焦顯微鏡、細胞圖象分析儀、核酸蛋白分析儀、色質(zhì)聯(lián)用分析儀等。

　　2001-2004年間，基礎(chǔ)醫(yī)學(xué)院獲得的國家“973”和“863”項目經(jīng)費總額1032萬元，國家自然科學(xué)基金項目35項,經(jīng)費總額685.5萬元，上海市地方政府項目70項，經(jīng)費總額1288.5萬元。其間獲獎科研成果３項，在ＳＣＩ收錄雜志發(fā)表論文87篇。

　　學(xué)院現(xiàn)有教職員工399名，其中正、副教授112名。具有研究生學(xué)歷的教師占教師總數(shù)的58.3%。教師中973首席科學(xué)家1人，國家教育部“長江特聘教授”1人，“長江講座教授”1人，國家有突出貢獻中青年專家3人，獲國務(wù)院特殊津貼專家12人。