隨著中國高等教育體制的改革，2000年4月原復旦大學與原上海醫(yī)科大學合并，成立新的復旦大學，于2001年7月27日成立復旦大學醫(yī)學院，現(xiàn)更名為復旦大學基礎醫(yī)學院。學院依托綜合性、研究型大學的學科優(yōu)勢，遵循臨床與基礎結(jié)合的方針，加強拓展與相關專業(yè)的交叉融合，以學科建設為根、以人才梯隊建設為本，旨在培養(yǎng)具有科學基礎寬厚、專業(yè)技能扎實、創(chuàng)新能力強、發(fā)展?jié)摿Υ蟮母呒夅t(yī)學人才。
為創(chuàng)辦綜合性大學的一流醫(yī)學院，促進基礎醫(yī)學和臨床醫(yī)學的結(jié)合，加快醫(yī)學學科建設，由基礎醫(yī)學院的領導和學校附屬醫(yī)院的院長組成上海醫(yī)學院院務委員會，是學院的咨詢決策機構。在教學管理架構上設有27個系。在行政管理架構上設有黨委辦公室、院長辦公室、學科建設辦公室、教學管理辦公室、科研管理辦公室、研究生教育辦公室和本科生工作組、研究生工作組八個職能部門，負責管理和協(xié)調(diào)學院各方面的工作。學院現(xiàn)有國家重點學科22個醫(yī).學.全.在.線m.gydjdsj.org.cn，一級學科國家重點學科3個；國家重點實驗室1個；“211工程”（二期)建設重點學科8個；教育部、衛(wèi)生部重點實驗室9個；上海市重點學科5個；上海市臨床醫(yī)學中心8個。有博士后流動站4個，博士點35個，碩士點39個。
學院擁有一支國內(nèi)一流的師資隊伍，其中既有一批在國內(nèi)外享有盛譽，學術造詣深，醫(yī)術精湛的老一輩專家教授，又有一批近年來迅速成長起來的中青年學術骨干和學科帶頭人。他們中有中國科學院院士2名，中國工程院院士4名，教育部長江特聘教授10名，國家杰出青年科學基金獲得者10名。學院現(xiàn)有博士生導師249名，碩士生導師451名。為了保持一支穩(wěn)定的、熱愛教育工作的臨床醫(yī)學師資隊伍，學院對學校各附屬醫(yī)院的教師實施臨床授課教授崗位聘任制，聘任授課教師554 名，其中授課教授204人，授課副教授206人，助理教授144人。近年來，上海醫(yī)學院已與美國哈佛大學醫(yī)學院、美國哥倫比亞大學醫(yī)學院、澳大利亞悉尼大學醫(yī)學院、荷蘭格羅寧根大學醫(yī)學院、瑞典Umea大學醫(yī)學院、加拿大大不列顛哥倫比亞大學、日本大阪大學、香港大學李嘉誠醫(yī)學院、香港中文大學醫(yī)學院等建立了院際關系，雙向進行科研項目合作，學者相互訪問交流，選派青年教師進修學習，開展在讀醫(yī)學生的互換實習等活動。
